L'opinion publique a longtemps cru qu'il avait été assassiné le jour du coup d'Etat par les soldats qui assiégeaient le palais présidentiel de La Moneda. Cette version a ensuite été démentie et, à ce jour, la thèse du suicide s'est imposée. Mais elle est encore régulièrement remise en question. Le bimensuel chilien El Periodista vient de publier l'avis d'un expert médical qui affirme, à la lecture des rapports d'autopsie de l'époque, que le corps d'Allende comportait plusieurs blessures par balle. Son meurtre aurait ensuite été maquillé en suicide.
Isabel Allende, la fille du défunt président, a refusé d'accorder du crédit à ces nouvelles informations. "La députée [socialiste] Allende refuse de remettre en question le témoignage des personnes qui ont accompagné le président jusqu'au dernier moment et qu'il faudrait, du coup, soupçonner d'avoir participé à sa mort", explique le quotidien La Nación. Pour Isabel Allende et sa famille, la thèse du suicide ne fait donc plus aucun doute et l'exhumation de la dépouille de son père n'est absolument pas à l'ordre du jour.