Elle a en outre relaxé, faute de preuves, un sixième militaire dans ce dossier portant sur la disparition de neuf membres du Mouvement de gauche révolutionnaire (MIR), âgés de 19 à 26 ans, dans les mois qui suivirent le coup d'Etat du 11 septembre 1973 ayant porté au pouvoir le général Augusto Pinochet.
Les faits s'étaient produits à Linares, à environ 300 km au sud de la capitale Santiago, précise la Cour suprême dans un communiqué.
L'un des condamnés est l'ancien sous-secrétaire aux Relations étrangères du régime militaire, Humberto Julio Reyes, qui a été condamné à trois ans de prison, mais en bénéficiant d'un régime de liberté conditionnelle.
Deux généraux, un colonel et un sous-officier ont pour leur part été condamnés à cinq ans, mais jouiront aussi d'un régime de liberté surveillée.
En 2008, Humberto Julio Reyes s'était vu infliger une peine de 10 ans de prison pour enlèvement qualifié et les cinq autres militaires avaient été condamnés à 15 ans.
L'association des familles de détenus et disparus du Chili a critiqué cette décision, déplorant la mansuétude de la justice à l'encontre des militaires.
On ne les envoie même pas un jour en prison, a déploré la présidente de l'organisation, Lorena Pizarro, interrogée par l'AFP.
L'an dernier, la Cour suprême avait réduit à 17 ans la peine de l'ancien chef de la police secrète de la dictature, Manuel Contreras, condamné en première instance à une double peine de perpétuité pour l'assassinat de l'ex-commandant en chef de l'armée et de son épouse en 1974 à Buenos Aires.
La Cour suprême estimait qu'il pouvait bénéficier d'une semi-prescription, une disposition du code pénal chilien permettant de réduire les peines lorsque les magistrats jugent qu'il s'est passé suffisamment de temps entre les faits et le procès.
Au total, un peu plus de 700 anciens agents militaires, policiers, civils, de la dictature ont été condamnés ou sont poursuivis pour des crimes contre l'humanité commis sous la dictature, qui a fait plus de 3.100 morts ou disparus.
En janvier, la justice a rouvert plus de 700 dossiers - de disparitions ou morts surtout - qui n'avaient jamais été traités faute de plaintes. Parmi eux, celui emblématique de la mort du président socialiste Salvador Allende, afin de savoir s'il s'est suicidé ou s'il a été abattu lors du coup d'Etat du 11 septembre 1973.