Les trois hommes sont soupçonnés d'être à l'origine du meurtre présumé et de la disparition de cinq personnes considérées comme les dernières victimes de la dictature chilienne.
L'avocat des familles des victimes, enlevées en 1987, a salué cette décision qui vise les commanditaires présumés et non seulement les exécutants du crime.
Les trois inculpés devraient faire appel de la décision et n'étaient pas joignables dans l'immédiat.
Pinochet a dirigé le Chili d'une main de fer de 1973 à 1990. Il est mort en 2006 sans avoir été jugé, alors que quelque 3.000 morts et 28.000 cas de torture sont imputés à son régime.
L'actuelle présidente du Chili, Michelle Bachelet et sa mère font partie des victimes de tortures.
Les organisations de défense des droits de l'homme et les familles de victimes ont à plusieurs reprises déploré la lenteur de la justice et accusé l'armée de couvrir les militaires impliqués.
Quelque 500 responsables de la sécurité font l'objet d'une enquête pour leur participation à des crimes durant la dictature, mais seuls 24 ont été condamnés jusqu'ici.
Lisa Yulkowski, version française Grégory Blachier